中国争夺南海控制权不仅因为中国领土神圣不可侵犯，更重要的因素在于那里的深海对于中国核潜艇的行动至关重要。

英国智库“国际战略研究所”高级研究员亚历山大·尼尔声称，中国渴望控制的南海区域远不只有海面上的礁石，“中国还计划让核潜艇突入太平洋”。他认为，中国南海造岛的一个关键因素在于海底。“解放军对陆基核威慑力量脆弱性的担忧以及加强第二次核打击能力的需求都在增加，促使中国加强战略核潜艇的建设”。

两年前中国首次部署094型战略核潜艇，每艘该型潜艇可装备12枚“巨浪-2”潜射洲际*。从三亚附近的基地起航，094型潜艇能在南海深处巡航，但若要突破美国的岛链封锁，必须突入太平洋。这些中国核潜艇需要离开海南基地、穿越南海抵达太平洋海底。由于南海南部大片区域水深较浅，只有快到“九段线”附近，大陆架才下降到约4000米深，从而为潜艇提供更好的掩护。

近年来，南海深处已经成为中美之间对抗加剧的“战场”。2009年初，中国渔船试图切断游弋在海南附近的美国海军监测船“无瑕”号牵引的声呐基阵。最近中国已具备新的猎潜能力。6月8日，中国海军入役一艘新型056A型护卫舰，该舰具有可靠的反潜作战能力，主要将在南海活动。

同时，美国国防部长卡特最近也宣布，五角大楼将投资80亿美元，确保美国核潜艇部队的打击能力，包括在亚太地区部署新型水下无人艇。卫星图像显示，中国新的岛屿正在配备先进的传感器，包括雷达阵列和卫星通信站，它们将提升中国海军在南海海上和海底的态势感知能力。中国还可能在修建联络核潜艇的指挥与控制设施，这不仅能帮助潜艇部队躲避侦察，还能瞄准任何对手。

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